1170 wird der Ort erstmals urkundlich als Winedissen erwähnt. Um 1200 hieß der Ort Winethissem, 1292 Wenethessen, um 1300 1358 Wendessem, Wendessum. Von 1350 an heißt der Ort bis heute Wendessen.

Am 12. Mai 1218 schenkte Kaiser Otto IV: dem Stift St. Blasii zu Braunschweig die Patronatsrechte, unter anderem auch über Wendessen.

1493 wurde Wendessen von den Braunschweigern geplündert. Im Schmalkaldischen Krieg wurde 1542 das Pfarrhaus von den Schmalkalden zerstört. Am 19. Juni 1550 erfolgte ein Überfall der Stadt Braunschweig auf Wendessen. 1627 wird das Dorf im 30-jährigen Krieg von den Dänen zerstört und niedergebrannt.

1660 wurde das Gut gebaut, 1736 wurde es fürstliches Kammergut, 1772 kaufte es Amtsrat Müller, von 1864 bis 2001 war es im Besitz der Familie Seeliger und gehört heute der Stadt Wolfenbüttel.

1759 wurde die Wolfenbütteler Gerichtsstätte auf den Wendesser Berg verlegt. 1762 erfolgte der Bau der Schanze auf dem Wendesser Berg.

Seit 1843 besteht ein Eisenbahnanschluss an der Strecke Braunschweig-Helmstedt. Zur Zeit ist in Wendessen allerdings kein Haltepunkt. Im Zuge der Einrichtung der geplanten Regio-Bahn ist jedoch für voraussichtlich 2008 die Einrichtung eines Haltepunktes vorgesehen. 1857 wurde die Zuckerfabrik errichtet. Sie wurde bis 1957 betrieben.

Bei einem Luftangriff am 14. Januar 1944 wurde nicht nur das Rittergut, die aus dem 12. Jahrhundert stammende Kirche, verschiedene Wohnhäuser, Scheunen und Ställe zerstört. Durch einen Volltreffer auf einen haltenden Zug kam es zu einer hohen Zahl an zivilen Opfern (36 Menschen starben).

Aus der Chronik:

• 1663 hatte Wendessen 75 Einwohner (ohne Kinder unter 14 Jahren)


• 1756 waren es bereits 200 Einwohner.


• 1859 starben 10 Personen an der Cholera, 1855 fünf weitere


• Zur Jahresmitte 2005 betrug die Einwohnerzahl rund 750


• Im Juni 2009 betrug die Einwohnerzahl rund 940